Das richtige Medium ist für die Hydrokultur von entscheidender Bedeutung. Das als 'Hors-sol-Milieu' bezeichnete Substrat wird eingeteilt in :
・anorganisch: Perlit, Steinwolle
・organisch: Tonkugeln, Kokosfasern, Blumenerde, Torf.
Hinzu kommt die Fähigkeit zur Aktivität oder Trägheit, d.h. ob Stoffe in den System abgegeben werden oder nicht
Geschlossene Systeme verwenden das 'inerte' Medium, da es den Vorteil hat, dass die Nährlösung vollständig kontrolliert werden kann. Kokos, Tonkugeln und Steinwolle sind die am häufigsten verwendeten inerten Substrate.
Ein Medium, das als 'aktiv' gilt, wird eher in offenen Systemen verwendet, da es selbst Nährstoffe enthält. Dies sind vor allem Mischungen auf der Basis von Blumenerde und Torf.

Ein hydroponisches Substrat sollte folgende Eigenschaften aufweisen:
・eine gute Drainagefähigkeit
・Nährstoffe und Wasser im Wurzelbereich halten
・ein gutes Gleichgewicht zwischen Luft- und Wasserspeicherung
・ein leicht einstellbarer pH-Wert
・ein geringer Gehalt an Salzen
・die Möglichkeit, nach einem Anbauzyklus wiederverwendet zu werden
・die Abwesenheit von Krankheitserregern, unerwünschten und giftigen Stoffen
・eine gute Beständigkeit gegen Bewässerung und Düngung

Steinwollwürfel sind ein inertes Substrat, das häufig bei Vermehrungsgeräten verwendet wird. Sie werden in Einsätzen oder auf einem Tray platziert und sorgen für einen guten Halt des Setzlings.

Tonkugeln können in vielen hydroponischen Anlagen mit Rezirkulation als Hauptsubstrat, in der Vermehrung oder als Topfbodenschicht zur Verbesserung der Drainage in Verbindung mit Kokos oder Blumenerde verwendet werden.
Perlit vulkanischen Ursprungs ist ein inertes Substrat, das meist zusätzlich hinzugefügt wird, um ein Substrat zu belüften.
Kokosmischungen und Blumenerde werden in verschiedenen Formen in PCI-Bewässerungssystemen und in Systemen mit Rezirkulation verwendet. Kokos in Form von Fasern, Granulat oder Würfeln ist sicherlich das beliebteste aktive Substrat und wird im Bio-Anbau sehr geschätzt.