Le bon milieu est un élément primordial pour la culture hydro. Le substrat appelé 'support hors-sol' est classé en :

・non organique : perlite, laine de roche 
・organique : billes d’argile, fibre de coco, terreau, tourbe
À cela s'ajoute la capacité d'activité ou d'inertie, c'est-à-dire le fait de libérer ou non des substances dans le circuit.
Les systèmes fermés utilisent le milieu 'inerte', car il a l'avantage de permettre un contrôle complet de la solution nutritive. Le coco, les billes d'argile, la laine de roche sont les substrats inertes les plus utilisés.
Un milieu considéré 'actif' sera plutôt utilisé dans les systèmes ouverts, de par le fait qu'il contient lui-même des nutriments. Ce sont principalement les mélanges à base de terreaux et tourbes.

Un substrat hydroponique devrait présenter des propriétés telles que :

・une bonne capacité de drainage

・retenir les nutriments et l’eau dans la zone racinaire

・un bon équilibre entre la rétention d’air et d’eau
・un pH facilement ajustable
・une teneur faible en sels
・la possibilité d’être réutilisé après un cycle de culture
・l'absence de pathogènes, d'indésirables et de produits toxiques

・une bonne résistance aux arrosages et aux fertilisations

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La laine de roche en cubes est un substrat inerte très utilisé sur les dispositifs de propagation. Elle se place dans des inserts ou sur un plateau et permet une bonne tenue du planton. La tourbe en blocs s'adapte également aux petits dispositifs comme les miniserres.

Les billes d’argiles peuvent être utilisées comme substrat principal dans de nombreuses installations hydroponiques à recirculation, en propagation, ou comme couche de fond de pot pour améliorer le drainage, en association avec du coco ou du terreau.

La perlite d’origine volcanique est un substrat inerte qui est le plus souvent ajoutée en supplément pour aérer un substrat.

Les mélanges de coco et les terreaux sont utilisés sous diverses formes dans les systèmes d’irrigation PCI et dans les systèmes à recirculation. Le coco est certainement le substrat actif le plus populaire et très apprécié en culture bio.